Quando a ameaça do Anjo aumenta, a força de defesa da humanidade está sendo empurrada até seus limites. O Nerv está na vanguarda da luta e conta com a ajuda dos Evangelion, unidades mecanizadas equipadas com armas perfeitas para enfrentar os oponentes monstruosos.
Shinji Ikari e seu parceiro Rei Ayanami estão sendo assistidos por dois novos pilotos: Asuka Langley Shikinami, que é conhecida por sua personalidade fogosa, e Mari Illustrious Makinami, cuja personalidade é mais reservada. Com a ajuda desses Evangelion, equipados com armas perfeitas para enfrentar os monstros, as quatro jovens almas lutam desesperadamente para proteger seus entes queridos e evitar um apocalipse iminente.
Mas quando segredos surpreendentes são trazidos à luz, o maior desafio dos heróis será saber se eles serão os monstros ou a própria humanidade.
