Em 2015, mais de uma década havia passado desde o catastrófico Segundo Impacto, que atingiu a humanidade com força total. Durante esse tempo de recuperação, alguns poucos aprenderam sobre os Anjos - entidades colossais e malignas que visavam desencadear o Terceiro Impacto e eliminar o resto da humanidade. Chamado por seu pai Gendou Ikari para a cidade de Tóquio-3, o adolescente Shinji foi empurrado para lutar pela sobrevivência da humanidade.
Separado de Gendou desde a morte de sua mãe, Shinji supunha que seu pai desejava reparar os laços familiares quebrados; em vez disso, ele descobriu que fora trazido para pilotar uma máquina gigante capaz de lutar contra os Anjos, o Evangelion Unit-01. Forçado a enfrentar onda após onda da maior ameaça da humanidade, o jovem se viu preso no meio de um plano que poderia afetar o futuro da humanidade para sempre.
