Shinji Ikari fica emocionalmente paralisado após a morte de um amigo querido. Com seu filho mentalmente incapaz de pilotar o robô humanóide Evangelion Unidade-01, o Nerv de Gendou Ikari corre contra a organização sombra SEELE para ver quem pode implementar seu plano final primeiro.
A SEELE deseja criar uma entidade divina fundindo suas próprias almas em uma unidade Evangelion. Já Gendou quer reverter toda a humanidade em um ser primordial, para que ele possa se reunir com Yui, sua falecida esposa. A SEELE desencadeia suas forças militares em uma invasão letal da sede do Nerv.
Enquanto as tropas da SEELE cortam os cientistas e o pessoal de segurança do Nerv, Asuka Langley Souryuu pilota a Evangelion Unit-02 em uma última luta desesperada contra o armamento mais pesado da SEELE. A batalha continua, e um Shinji deprimido se esconde dentro da sede do Nerv.
Com o destino do mundo pendurado nas mãos de Shinji, o Capitão Misato Katsuragi persegue o adolescente enquanto a sociedade desmorona em torno deles.
