Após os eventos do primeiro filme, tudo parece estar voltando ao normal no Japão. Até que um ícone estranho começa a aparecer em computadores, TVs, celulares e videogames conectados à internet. E este ícone está procurando por alguém... Taichi Yagami e Yamato Ishida, os dois que o derrotaram anos atrás. Mas é que este digimon de água-viva não é outro senão Diablomon, o digimon tipo vírus que foi derrotado no segundo filme. E agora ele aprendeu a se tornar físico e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.
Koushiro e Ken planejam livrar o mundo do vírus de uma vez por todas, mas precisam da ajuda de todos os Destinados, passados e presentes. É mais uma corrida contra o tempo para pôr um fim ao enredo de Diablomon... mas até isso está camuflado na sombra. Será que a reaparição do Omegamon será suficiente para parar Diablomon pela segunda vez? Ou as milhões de cópias provarão ser um impulso de poder demais, afastando o "Campeão Digimon da Justiça"? Claro, ele não viu a nova geração de Escolhidos e as novas técnicas. É uma luta até o fim, com a destruição de Tóquio na linha.
