Hana, uma jovem universitária dedicada, se apaixona por um homem enigmático que frequentava suas aulas, apesar de ele não ser estudante de verdade. Mas o mais incrível é que ele não é humano de fato. Em uma noite de lua cheia, ele se transforma e revela seu segredo: é o último lobisomem vivo. Apesar disso, o amor de Hana permanece forte, e os dois decidem começar uma família. Com o tempo, ela dá à luz dois filhos saudáveis: Ame, nascido durante a chuva, e Yuki, nascido sob neve caindo. Eles herdaram do pai a habilidade de se transformar em lobos.
Mas logo após, a morte súbita do amante atinge Hana com força, deixando-a sozinha para criar uma família peculiar e única. O estresse de cuidar dos filhos, que têm natureza selvagem e vivem em uma cidade cheia de gente, tornou-se insuportável. Ela precisava manter o segredo da verdadeira identidade deles. Com isso, Hana decide se mudar para a zona rural, onde espera que Ame e Yuki possam viver livres dos julgamentos da sociedade. Wolf Children é uma história inspiradora sobre os desafios enfrentados por uma mãe solteira em um mundo moderno exigente.