Haruto Kirishima vivia uma vida tranquila no campo, longe da agitação urbana. De repente, Yuzuki Eba entrou em sua rotina: ela veio de Tóquio e passou brevemente com a família dele. O tempo que passaram juntos deixou Haruto apaixonado pelas lembranças desse curto período antes que Yuzuki desaparecesse abruptamente, deixando-o cheio de dúvidas. A história de Kimi no Iru Machi começa depois disso, quando Haruto se muda para Tóquio e mora com sua irmã para seguir carreira na cozinha. Mas o que ele realmente quer é estar junto de Yuzuki. As coisas não saem bem logo: ao chegar, ele é confundido com ladrão e atacado pela vizinha da irmã, Mishima Asuka. Quando o mal-entendido se resolve, seus sentimentos ainda vacilam. Yuzuki continua evitando-o sem razão aparente; será que isso tem a ver com ela ou com Asuka?
