Tensai Bakabon conta a história de um garoto prodígio e do pai que se autodenomina filósofo. O pai tem uma filosofia própria e não deixa pedra sobre pedra na busca por respostas. Apesar de gerar problemas, Papa Bakabon é visto como “O Grande Filósofo” e recebe pedidos de conselho, os quais acabam em desastres. Tensai Bakabon acompanha o pai nas investigações filosóficas que enlouquecem os moradores da cidade.