No ano de 2039, os efeitos devastadores do aquecimento global levaram a um aumento alarmante do nível do mar, resultando na perda irreparável de terras. Em resposta ao desastre que ameaçava a humanidade, uma frota poderosa de navios de guerra equipados com tecnologia avançada surgiu, infligindo derrotas esmagadoras às forças navais em todo o mundo. Chamando-se Frota da Névoa, cada nave contava com um "Modelo Mental", um avatar humanoide que representava a alma da embarcação, seu "Núcleo da União". Cada modelo tinha uma personalidade única, mas todos eram guiados por uma autoridade desconhecida conhecida como o Código do Almirantado, que impôs um bloqueio para impedir que os humanos navegassem pelo mar. Dezessete anos após a imposição do bloqueio, Gunzou Chihaya, ex-aluno da Academia Nacional da Marinha, encontrou-se com a I-401 e seu Modelo Mental, Iona, que se alinhou à humanidade por motivos desconhecidos. Utilizando essa nova esperança de alcançar a paz para a humanidade, Gunzou e seus amigos formaram um grupo de corsários conhecido como Aço Azul, enquanto partiam em uma jornada perigosa.
