Algum tempo depois dos acontecimentos envolvendo o Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime recorda ter recrutado Haruyuki Arita para o programa Brain Burst, uma aplicação que permite aos jogadores acelerar suas funções cognitivas a ponto de parecer que o tempo se detém. Desde então, Haruyuki ganhou notoriedade entre os demais Burst Linkers e tem auxiliado Kuroyukihime na busca pelo nível mais alto do jogo.
Durante uma batalha territorial com sua legião, Nega Nebulus, Haruyuki e seus companheiros são expulsos do programa após uma tempestade destrutiva no jogo. Em toda Tóquio, as câmeras de segurança apresentam falhas, o que Kuroyukihime conclui estar relacionado à quebra do Burst Cérebro.
Determinada a resolver a situação, Nega Nebulus decide recrutar outras legiões para descobrir a origem do problema e restaurar a capacidade de aceleração.
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