Ninjas voadores da Terra do Céu lançam um ataque surpresa devastador contra Konohagakure, buscando vingança contra seu antigo inimigo. Apesar de querer se juntar à luta, Naruto Uzumaki é mantido sob a tutela de Shinnou, um médico misterioso que precisa da sua ajuda para salvar uma pessoa ferida.
Enquanto leva o ferido ao hospital, Naruto tem um encontro inesperado com Amaru, um jovem tempestuoso de uma vila vizinha que busca desesperadamente a ajuda de Shinnou. Enquanto isso, os invasores recuam para restaurar suas forças, e Tsunade aproveita a oportunidade para enviar uma pequena equipe, incluindo Sai, Shikamaru Nara e Kakashi Hatake, para atacar sua base.
Simultaneamente, ela contrata Naruto, Sakura Haruno e Hinata Hyuga para acompanharem Shinnou e Amaru em sua jornada. Porém, Orochimaru tem seus próprios planos: ele ordena que Sasuke Uchiha lhe traga o médico especializado na técnica da reencarnação.
À medida que o grupo de escolta descobre acidentalmente a sinistra verdade por trás dos ataques, planos tumultuados são desencadeados. Mas mesmo diante de um reencontro inesperado, Naruto não vacila em seu esforço para acabar com a guerra e seus efeitos desastrosos.
