Liderados pelo sábio Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno e Sai são designados para capturar Mukade, um ninja rebelde que está à caça do antigo chakra Ryuumyaku escondido sob as ruínas de Rouran. Embora o Ryuumyaku tenha sido selado pelo Quarto Hokage, o grupo não consegue impedir que Mukade libere seu poder. Como resultado, uma forte explosão de energia envolve tanto Naruto quanto Yamato antes que possam escapar.
Ao despertar em um reino magnífico, porém hostil, Naruto encontra sua jovem rainha Saara e três ninjas de Konohagakure em uma missão ultrassecreta. Eles revelam a ele que viajaram no tempo até Rouran 20 anos no passado! Para piorar, Mukade já infiltrou a corte real, tornando-se o ministro mais confiável da rainha ingênua sob o pseudônimo Anrokuzan.
Unindo-se aos três ninjas, Naruto deve proteger a vida de Saara sem falhar para impedir os planos do vilão e retornar ao presente.
