Após os acontecimentos de Amagami SS, Junichi Tachibana mantém seus laços com as garotas da escola. Em Amagami SS+, vemos o que ocorre depois das histórias individuais de cada uma. Novos episódios surgem entre Junichi e cada menina: Tsukasa Ayatsuji, presidente em exercício da classe, disputa a presidência do conselho estudantil; Rihoko Sakurai, cofundadora do Tea Club com ele, ainda deseja declarar seus sentimentos; Ai Nanasaki questiona o futuro de seu namoro quando Junichi vai para a faculdade; Kaoru Tanamachi se pergunta se o relacionamento pode evoluir mais; Sae Nakata e Junichi enfrentam colegas que duvidam de que alguém tão bonito seja sua namorada; e Haruka Morishima aspira levar o romance ao próximo nível, até o casamento.
