Depois de testemunhar a morte precoce da mãe, Uryu Kamihate cresceu desiludido com os deuses, descartando qualquer fé neles como um absurdo total. Por causa dessas convicções, ele decide se tornar médico, dedicando quase todo o seu tempo aos estudos para entrar na prestigiada Universidade de Kyoto. Para aprofundar a preparação, Uryu procura um novo local que o afaste do barulhento orfanato onde cresceu. Chidori Amagami, padre‑chefe do Santuário de Amagami, aceita que ele fique na casa da família. Entretanto, Uryu terá que conviver com as três netas de Chidori – Yae, Yuna e Asahi – que atuam como donzelas do santuário. Além disso, Chidori impõe outra condição: Uryu deve se casar com uma das irmãs para assegurar o futuro do santuário e, em algum momento, herdá-lo. Mas, diante dos objetivos de Uryu e das crenças das irmãs, essa prova já parece impossível.
