A morte permanece um dos grandes mistérios que mantém a humanidade nas sombras desde os primórdios. Contudo, a inquietante pergunta sobre o que acontece com a alma após a partida é prontamente respondida a Yuzuru Otonashi, de apenas 17 anos. Ao despertar sem lembranças prévias em uma realidade entre vida e morte, ele se depara com a assustadora verdade da existência pós‑morte.
Esta dimensão estranha assume a aparência de uma escola, servindo de refúgio para quem morreu em circunstâncias indesejadas. Sentindo-se lesado por Deus durante suas vidas terrenas, os residentes da instituição formam a Frente de Batalha Afterlife, um grupo rebelde que se opõe ao presidente do conselho estudantil, Kanade “Angel” Tachibana. Liderada por Yuri Nakamura, a facção recruta Otonashi para lutar contra Angel e retomar o controle de suas próprias vidas.
Entretanto, ao questionar a moralidade das ações tomadas, Otonashi recua das fileiras inimigas para compreender o outro lado do destino que os une.