Um jovem assassino taiwanês, conhecido como “Glass Heart”, tirou a própria vida pulando de um prédio; seu coração foi perfurado por metal. Milagrosamente, ele sobrevive graças a um transplante cardíaco. Na recuperação, começa a ter sonhos estranhos que o levam ao Japão em busca do doador de seu coração, que por coincidência é Kaori Makimura, ex-parceira de Ryo Saeba, do City Hunter. O autor esclareceu no primeiro volume tankoubon que Angel Heart compartilha apenas personagens com City Hunter, mas não a continuação. Todos os acontecimentos ocorrem em universo paralelo, sem relação com o City Hunter.
