Escondido nas montanhas próximas à elite da Escola Secundária Kunugigaoka há um pequeno prédio abandonado que abriga os delinquentes e desistentes da Classe 3‑E. Olhados pelos colegas, esses alunos parecem ter pouca esperança de avançar academicamente, até que o governo nacional os force a eliminar a maior ameaça ao planeta: seu novo professor. Já tendo destruído a lua, o professor parecendo polvo, dublado como Koro-sensei, agora ameaça destruir a Terra em março do ano seguinte. À luz dessa missão, os estudantes descobrem que matá‑lo é mais fácil dizer do que fazer; além de se mover a velocidades de até Mach 20, ele resiste à maioria das armas terrestres. Ironicamente, ele também prova ser um dos melhores professores que a Classe 3‑E já teve. Treinando a turma para se destacar nos estudos e nas habilidades de assassinos, Koro-sensei está confiante de que a engenhosidade e a vontade indomável de seus alunos poderiam trazê‑los de volta ao campus principal. Através de tentativas e erros, Nagisa Shiota e os demais estudantes da Classe 3‑E devem descobrir as fraquezas de Koro-sensei – rápido, pois o destino do mundo depende disso.
