De volta às férias de verão, os estudantes da Classe 3‑E da prestigiada Escola Secundária Kunugigaoka se encontram diante de probabilidades quase impossíveis. Com a ameaça de aniquilação mundial pairando sobre eles, precisam inventar maneiras cada vez mais elaboradas e criativas para eliminar o astuto e otimista Koro-sensei. Contudo, matar o professor não é o único objetivo: Gakuhou Asano, o impiedoso diretor da escola, tenta sabotar a Classe 3‑E, manipulando outros alunos em máquinas de estudo excessivamente competitivas. A hostilidade cresce enquanto traidores e assassinos buscam reivindicar a recompensa pela cabeça de Koro-sensei. Nagisa Shiota, um dos mais habilidosos membros da classe, se vê no meio desse conflito. Enquanto tenta manter sua posição acadêmica e impedir o fim do mundo, questões pessoais ameaçam seu lugar na 3‑E. Junto com seus colegas dedicados, ele deve enfrentar as ameaças de frente.
