Doze mil anos após os acontecimentos de Gênesis Aquarion, os humanos habitam a estrela Vega sob constante ameaça dos seres transdimensionais conhecidos como Raptores. Esses inimigos têm origem na irmã de Vega, Altair, e atacam o planeta em busca da vida humana. Para se defender, surgiu a organização Neo‑DEAVA, que empunha avançados ternos mecha chamados Aquaria, sendo estritamente segregada por gênero: meninos e meninas não podem trocar contato nem lutar no mesmo campo de batalha. Contudo, tudo muda quando um terno mecha raptor avançado entra na disputa. Dois adolescentes, Mikono e Amata, são arrastados para o conflito. Sem saber, Amata quebra tabu ao convocar uma Aquaria e ativa a chamada União Proibida entre um modelo masculino e outro feminino. Neo‑DEAVA fica chocado, e as consequências das ações de Amata se revelam muito mais amplas do que ele imagina. Como ele conseguiu invocar uma Aquaria? Onde aprendeu a criar uma União Proibida? E por que Mikono também tem capacidade para pilotar o terno mecha?
