Com todas as Clow Cards recuperadas e convertidas em suas próprias Sakura Cards, Sakura Kinomoto inicia seu primeiro ano na Tomoeda Middle School. Após o primeiro dia de aula, ela se encontra com Shaoran Li, que lhe diz que vai ficar permanentemente em Tomoeda. Para sua surpresa, parece que ele frequentará a mesma escola, e tudo indica que a vida dela está tomando um rumo promissor. Mas quando Sakura vai dormir, sonha com uma figura camuflada e é cercada por cartas transparentes. Ao acordar, assustada, percebe que o sonho se tornou realidade: as Sakura Cards passaram a ser Clear Cards. Continuando os encontros oníricos com o inimigo desconhecido e ganhando uma nova chave mágica, ela prepara-se para a última aventura de Cardcaptor.
