Depois de concluir o curso na Escola Vanguard Koshien, Kouji Ibuki começa a ter novos pesadelos. Nome Tatsunagi faz Suiko convocá‑o para uma mansão onde descobrem que ele pode ver uma Torre Negra chamada Santuário. O Santuário está alterando a linha do tempo ao longo da história, e a única forma de corrigi‑la é Kouji primeiro consertar seu erro futuro.
Agora Kouji e Suiko precisam viajar pelo mundo paralelo e observar como as Magical Girls Emi Sendou e Shuka convocam unidades Vanguard para ajudar a reparar a história. Infelizmente, os dois não conseguem intervir, pois lutar contra monstros reais não faz muita diferença.
