Sem sua capacidade de controlar mentes e corpos, Yuu Otosaka seria apenas mais um estudante do ensino médio. O poder que o domina – que dura apenas cinco segundos por vez – lhe permite subir na hierarquia escolar e entrar numa escola secundária de prestígio, onde continua a praticar atos desonestos. As brincadeiras dele são interrompidas por Nao Tomori, presidente do conselho estudantil da Academia Hoshinoumi, que percebe sua fraude. Usando persuasão, Nao força Yuu a se transferir para Hoshinoumi e integrar o conselho. A academia funciona em segredo como um centro para jovens com habilidades sobrenaturais; o conselho tem a missão de localizar quem as abusa. Com Yuu colaborando nas atividades do grupo, eles se propõem a encontrar e proteger novos usuários contra danos. Contudo, enquanto investigam essas habilidades, acabam se envolvendo em problemas muito mais complexos do que imaginavam.
