Juna Ariyoshi é uma estudante japonesa comum, curiosa como criança e com profunda admiração pela natureza. Um dia, enquanto viajava de moto com seu namorado Tokio Oshima, ela morre em um acidente. Contudo, Chris Hawken lhe oferece uma nova chance: conceder-lhe seus poderes para que se torne o avatar do tempo. Em troca, Juna deve defender a Terra das forças malignas chamadas raaja, geradas pela poluição tóxica causada pelos humanos. Logo percebe que não será tarefa fácil; ao tentar controlar suas habilidades recém‑adquiridas, precisa desvendar como ciência e tecnologia afastaram os seres humanos de sua conexão instintiva com o meio ambiente. Com a ajuda de Chris, da assistente Cindy Klein e da poderosa organização internacional SEED, cabe a Juna superar seus medos e impedir que as raaja destruam tudo aquilo que ela ama.
