Chocolatier Chocolat Aikawa e o enigmático Cacao Theobroma dirigem a loja chamada Chocolat Noir, famosa por seus chocolates artesanais que milagrosamente realizam desejos. Diversos personagens problemáticos se apresentam na porta da loja em busca de suas delícias, mas os doces têm um preço alto: cada comprador deve entregar seu bem mais precioso como pagamento. Embora Chocolat pareça uma senhora sem preocupações graças à sua habilidade de conceder vontades, por trás de sua fachada enigmática esconde-se uma menina angustiada que ainda não resolveu um ponto sombrio de seu passado.
