Depois de anos de guerra infrutífera entre os quatro reinos de Gamindustri – Planeptune, Lastation, Lowee e Leanbox – disputando a Share Energy, fonte da força que depende da fé do povo em suas deusas, as CPUs que comandam cada reino finalmente assinaram um tratado de amizade. O acordo proíbe qualquer tentativa de reivindicar Share Energy por meio de força militar, na esperança de trazer paz e prosperidade aos seus mundos. No entanto, apenas um mês depois da assinatura, Neptune, a deusa da CPU de Planeptune, passa o tempo brincando e jogando em vez de cumprir suas responsabilidades, deixando as ações de sua terra declinarem. Choujigen Netuno: The Animation acompanha Neptune e os esforços de seus amigos para criar Shares enquanto enfrentam uma ameaça externa que pode significar o fim das deusas e de Gamindustri.
