Três anos após o retorno do lendário Couraçado Espacial Yamato, a Terra começa a se reconstruir e faz as pazes com os gamilanos. No entanto, essa recuperação vem ao custo da utilização da tecnologia proibida Wave Motion.
Enquanto isso, os notórios ex-tripulantes do Yamato, que seguiram caminhos separados, recebem uma mensagem psíquica da misteriosa Deusa Teresa. Ela os incentiva a retornar à sua amada nave e viajar para o distante planeta Terezart.
Eles recebem a promessa de um poder revolucionário para combater a ameaça sem precedentes do implacável Império Gatlantis, que se aproxima da Terra com intenções apenas inocentes. Incapazes de resistir ao apelo, a tripulação se reúne novamente e parte para mais uma perigosa viagem intergaláctica, que testará sua coragem e versatilidade diante de um inimigo ainda maior.
