No futuro distante, a guerra entre a humanidade e os Gamilon deixou marcas profundas no planeta Terra. O bombardeio contínuo de asteroides radioativos tornou a atmosfera do planeta inabitável. Como auxílio, a Rainha Starsha do planeta Iscandar oferece às Forças Terrestres um dispositivo que pode neutralizar completamente a radiação do planeta.
Para essa missão, o couraçado espacial Yamato é confiado aos cuidados de uma equipe experiente. O navio é lançado dos restos de seu ancestral da Segunda Guerra Mundial em uma jornada de 148.000 anos-luz. No entanto, a tripulação do Yamato tem apenas um ano terrestre para viajar até Iscandar e voltar, ou a raça humana chegará ao fim.
