Centenas de anos após a época original, uma nova nave com o nome de Yamato é lançada ao espaço. Trata-se da décima oitava embarcação a levar esse nome e ela está destinada a enfrentar a Federação Seiren em uma batalha desesperadora.
Em um planeta governado com mão de ferro pela Federação Serien, um grupo de adolescentes terrestres descobre os restos do antigo couraçado da Federação Terrestre Yamato. Com astúcia e habilidade, eles roubam o disco de dados da nau e conseguem usar as instalações automatizadas da Seiren para construir uma nova versão do famoso couraçado.
