Tomorou Tenma tem um e-Pulso incrivelmente forte — é uma energia gerada pelos pensamentos e emoções humanas que alimenta dispositivos de IA em forma de ovo chamados Sapotama. A vida cotidiana do mundo depende da ajuda dos Sapotamas, mas a força do e-Pulso de Tomorou frequentemente causa falhas neles.
Certa noite, uma criatura estranha que se autodenomina Gekkoumon sai de seu dispositivo e insiste em comer o e-Pulso de Tomorou. Gekkoumon é um Digimon, uma criatura que se alimenta do e-Pulse e que nasceu de um erro nos Sapotamas. Alguns Digimon drenam completamente a energia dos humanos, deixando-os em um estado de coma conhecido como Coração Frio.
Quando o irmão mais velho de Tomorou, Asuka, se torna vítima desse fenômeno, Tomorou jura vingá-lo. Tomorou conhece um grupo de portadores de Digimon chamado Glowing Dawn, que caçam Digimon renegados em busca de recompensas. O líder deles, Kyou Sawashiro, explica que ainda pode haver esperança para a recuperação de Asuka.
Embora Tomorou tenha dificuldades para confiar nesses estranhos, decide se juntar a eles, pois percebe que salvar seu irmão pode não ser possível sozinho.
