Taichi Yagami e seus amigos já não estão mais na escola primária, mas ainda assim perderam contato com seus parceiros Digimon. Foi com surpresa que Taichi recebeu um pedido de socorro para voltar ao Mundo Digital. Lá, descobriu-se que os Digimon vivem com medo do misterioso Imperador Digimon, que está suprimindo sua capacidade de digievoluir de alguma forma! No mundo real, Hikari Yagami e Takeru Takaishi se reencontraram na mesma turma da quinta série. Eles compartilham três colegas de escola: Daisuke Motomiya, que lembrou a Taichi para ambos; Miyako Inoue, uma maga técnica com habilidades especiais; e Iori Hida, vizinho de Miyako. Quando essas três crianças receberam Digivices "D-3", elas — junto com Hikari e Takeru, que ainda possuem seus próprios Digivices originais — formaram a nova geração das "Crianças Escolhidas" que precisavam salvar o mundo mais uma vez. Com o poder dos Digi-Eggs Blindados, elas devem frustrar os planos do Imperador Digimon de espalhar sua influência por todo o Mundo Digital.
