O portal para o Mundo Digital ficou fechado há três anos. Agora que Taichi Yagami está no segundo ano do ensino médio, é hora de ele amadurecer e saber o que quer fazer da vida. Mas enquanto seus amigos seguem em frente, cada um com seus próprios planos, Taichi ainda não tem certeza sobre seu futuro.
Enquanto isso, um Digimon rebelde chamado Kuwagamon surge e começa a causar problemas na cidade, destruindo eletrônicos por todos os lados. Taichi, sem pensar duas vezes, corre atrás do bicho para tentar detê-lo. No entanto, logo se vê cercado pelos Digimon atacantes.
De repente, o Digivice que ainda carrega acende e Agumon aparece ao seu lado. Juntos, eles conseguem derrotar Kuwagamon, mas Taichi não entende por que os Digimon cruzaram para este mundo em primeiro lugar. O que está acontecendo no Mundo Digital? E como isso envolve Meiko Mochizuki, a nova aluna transferida da turma de Taichi?
