Vinte anos antes do início da história, um asteroide em rota de colisão com a Terra destrói Plutão. Por causa dessa catástrofe, o asteroide — chamado Thanatos — fica temporariamente estagnado no espaço. Para evitar que a Terra seja destruída, a Agência Internacional de Desenvolvimento do Sistema Solar (ISDA) lança o “Projeto D” e cria o Dragonaut depois de descobrir um ovo de dragão nas profundezas oceânicas. A missão principal dessa arma é aniquilar o asteroide quando chegar o momento certo. Contudo, logo se constata que Thanatos não é a única ameaça: poderosas criaturas parecidas com dragões, propensas à destruição, surgem na Terra. Após presenciar o assassinato de uma dessas criaturas, Jin Kamishina — um jovem de 18 anos que perdeu a família em um acidente de transporte há dois anos — se envolve nos segredos dos dragões e é escolhido como piloto do Dragonaut. Na jornada dele, Toa, uma garota enigmática que o salva da morte quando a criatura ataca, o acompanha. À medida que desvendam os mistérios desses seres, encontram novos aliados e inimigos, além de estreitar ainda mais seus laços.
