Quando se conheceram pela primeira vez, Masaru Daimon, um lutador de rua invicto, e Agumon, um rebelde Digimon, tornaram-se amigos da forma mais natural possível para essa dupla cabeça-dura: lutando com todo o coração. A autodenominada "equipe suprema" foi recrutada por uma organização governamental secreta chamada Digital Accident Tactics Squad, ou DATS, que testemunhou o espetáculo inacreditável de um humano lutando golpe por golpe com um Digimon.
O objetivo principal da equipe é investigar problemas misteriosos causados pela entrada de Digimon no mundo real. O mundo está atualmente em meio a uma crise, com Digimon aparecendo em uma taxa sem precedentes. Embarcados em várias missões com o DATS, Masaru e Agumon tornaram-se colegas do gênio adolescente Touma Norstein e seu parceiro Digimon Gaomon, além da bondosa Yoshino "Yoshi" Fujieda e seu parceiro Digimon Lalamon.
À medida que o grupo continua investigando o rápido aumento dos Digimon em seu mundo, uma verdade mais sombria começa a surgir.
