Cada episódio centra-se nas aventuras e percalços de Nuku Nuku no ensino médio, bem como em sua relação com os demais alunos. O enredo geral da série gira em torno do esquema das Indústrias Mishima para dominar o mundo por meio de seus produtos. Em oposição a esse plano estão Kyuusaku Natsume, ligeiramente maluco, e Nuku Nuku, o androide que age como companheiro do filho dele.
Os colegas de classe de Nuku Nuku são todos excêntricos: Futaba, presidente da turma, é um controlador dominante que não aceita deixar sua autoridade na escola. Chieko Shirakaba, rica esnobe, tem duas garotas que sempre ficam ao seu lado. Há também um leitor, um místico, um cientista e um cantor pop. Todos esses personagens cumprem fielmente suas descrições: o místico está sempre prevendo a destruição por meio de cartas de tarô, espíritos ou outras técnicas ocultas; o cantor pop nunca diz nada, exceto em forma de canção; a leitora tem o nariz constantemente em um livro. Essas excentricidades aumentam o humor da série.
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