Shunta Mogami é fã do jogo Espíritos de Batalha. Em um dia comum, uma luz proveniente de um card desse mesmo jogo o transporta para o Mundo dos Espíritos, a fonte de todos os espíritos que batalham. Lá ele conhece Eto, uma garota que diz ter chamado Shunta para impedir que o Rei‑Deus do Mal, ressuscitado, destrua o mundo; esse monstro havia planejado a aniquilação do Mundo dos Espíritos antes de ser derrotado e selado.
Junto ao confiante Yoku Albatrosa — também vindo de outro universo — Shunta decide procurar os doze Reis‑Deus que originalmente contiveram o poder usado para aprisionar o Rei‑Deus Maligno.
