Edward Elric, um jovem e brilhante alquimista, perdeu muito em seus 12 anos de vida: quando ele e seu irmão Alphonse tentam ressuscitar sua mãe morta através do ato proibido de transmutação humana, Edward perde seu irmão e dois membros. Com suas habilidades supremas de alquimia, Edward liga a alma de Alphonse a uma grande armadura. Um ano depois, Edward, agora promovido ao título de alquimista de metal completo do estado, embarca em uma jornada com seu irmão mais novo para encontrar a Pedra Filosofal.
Há rumores de que o lendário objeto mítico é capaz de amplificar as habilidades de um alquimista aos trancos e barrancos, permitindo assim que eles anulem a lei fundamental da alquimia: para ganhar algo, um alquimista deve sacrificar algo de igual valor. Edward espera recorrer aos recursos militares para encontrar a lendária pedra e restaurar os corpos dele e de Alphonse ao normal. No entanto, os irmãos Elric logo descobrem que há mais na Pedra Filosofal do que aparenta, pois são levados ao epicentro de uma batalha muito mais sombria do que jamais poderiam ter imaginado.
