Em um deserto remoto do planeta Zi, Van, garoto curioso, encontra uma instalação abandonada e destruída. Dentro dela, ele descobre um casulo opaco que se rompe sozinho; de dentro surge um robô dinossauro chamado Organoide. Van dá à criatura o nome Zeke e a reivindica como companheiro, mas logo um grupo de bandidos aparece atrás dele para capturar o Organoide. Os perseguidores usam Zoids, unidades mecânicas semelhantes a feras que servem para combate.
Van consegue afastar os caçadores revivendo e se fundindo com um velho Zoid chamado Shield Liger. Ele volta ao reboque com Zeke e depara-se com outro casulo. Em êxtase por ter obtido mais um Organoide, Van observa o casulo romper; uma garota emerge dele.
Sem saber de suas origens, a jovem lembra apenas que se chama Fiona e que deve localizar um objeto chamado Eve Zoid. Determinada a desvendar o mistério da sua existência, Fiona une-se a Van e Zeke para descobrir quem é realmente a Eva Zoid. O trio atravessa inúmeros amigos e inimigos em sua jornada, enfrentando perigos variados e experimentando momentos de leveza enquanto viajam.
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