Após um ano nos Estados Unidos, Kurisu Makise volta a Akihabara e se reencontra com Rintarou Okabe. No entanto, sua reunião é interrompida quando Okabe começa a ter flashes recorrentes de outras linhas do tempo como consequência da viagem no tempo que ele fez começarem a se manifestar. Esses efeitos colaterais acabam culminando em Okabe desaparecendo repentinamente, e apenas Kurisu tem alguma lembrança de sua existência.
No meio do desespero, Kurisu enfrenta uma escolha difícil que testará seu dever como cientista e sua lealdade como amiga: seguir o conselho de Okabe e evitar viajar pelo tempo para não afetar as possíveis consequências nas linhas do mundo, ou ignorá-lo para resgatar a pessoa que ela mais estima. Qualquer escolha que ela faça irá afetar o passado, o presente e o futuro.
