Rintarou Okabe, aquele cientista louco auto-proclamado, havia se tornado uma sombra de seu antigo eu. Depois da tragédia de não ter conseguido salvar sua amiga Makise Kurisu, ele decidiu abandonar o seu alter ego e viver como um estudante universitário comum. Rodeado de amigos que sabiam pouco sobre suas experiências de viagem no tempo, Okabe passava seus dias tentando esquecer os horrores das aventuras sozinho.
Enquanto trabalhava como recepcionista em um fórum de tecnologia da faculdade, ele conheceu Maho Hiyajo, uma menina corajosa e determinada. Mais tarde, ela se tornou a intérprete na apresentação do fórum, conduzida pelo professor Alexis Leskinen. Diante de uma multidão atordoada, Alexis e Maho revelaram Amadeus, uma IA revolucionária capaz de armazenar as memórias de uma pessoa e criar uma simulação perfeita dessa pessoa completa com sua personalidade e peculiaridades.
Depois da apresentação, Okabe se encontrou com Maho e Alexis. Ele descobriu que os dois eram colegas de Kurisu na universidade e que eles a simularam em Amadeus. Contratado por Alexis para pesquisar o comportamento da simulação, Okabe teve a chance de interagir com a sombra de um amigo perdido.
Perigosamente enredado no passado, Okabe precisou enfrentar a dura realidade e cuidadosamente manobrar em torno das consequências desastrosas que vieram com perturbar o fluxo natural do tempo.
