Após um ano longe de casa, Shinpachi Shimura retorna a Edo e encontra uma surpresa chocante: Gintoki e Kagura, seus companheiros da Yorozuya, mudaram completamente! Fugindo do caos que havia tomado conta da sede da Yorozuya, Shinpachi descobre que todos os habitantes de Edo passaram por transformações extremas, tanto na aparência quanto na personalidade. Inacreditavelmente, sua irmã Otae casou com o chefe Shinsengumi e perseguidor sem-vergonha Isao Kondou e está grávida do seu primeiro filho. Perplexo, Shinpachi concorda em se juntar aos Shinsengumi a pedido de Otae e Kondou e encontra mais transformações surpreendentes dentro e fora das fileiras da organização. No entanto, ao descobrir que o Vice-Chefe Toushirou Hijikata permaneceu inalterado, Shinpachi e seu improvável aliado dos Shinsengumi decidem partir em busca de devolver a cidade de Edo para como eles a lembram.
Com ainda mais piadas sujas, paródias e referências sem-vergonha, a equipe da Yorozuya continua suas aventuras no vibrante mundo cheio de alienígenas de Edo.
