Edo era uma cidade onde os samurais mais ambiciosos do país tinham suas aspirações. Mas agora, após a rendição feudal do Japão aos poderosos seres alienígenas chamados "Amanto", essas ambições parecem inatingíveis. O xogunato que antes exercia grande influência foi reestruturado como um governo fantoche e uma lei foi aprovada proibindo as espadas em público.
Gintoki Sakata, um homem excêntrico com cabelos prateados, carrega sempre consigo uma espada de madeira e mantém sua reputação de samurai apesar da proibição. Ele é o fundador do Yorozuya, um pequeno negócio que oferece serviços ímpares. Gintoki muitas vezes ajuda outras pessoas, mas geralmente faz isso de maneiras estranhas e imprevistas.
Ele é ajudado por Shinpachi Shimura, um garoto com óculos que está aprendendo o caminho do samurai; Kagura, uma menina forte e atrevida com força sobre-humana e um apetite infinito; e Sadaharu, seu cão de estimação gigante que adora morder as cabeças das pessoas. O Yorozuya enfrenta desafios como gangues locais e realeza alienígena em um mundo de Edo que está constantemente mudando.
