Gintoki e seus amigos Yorozuya, Shinpachi e Kagura, continuam a viver na cidade futurista de Edo, onde qualquer trabalho é bem-vindo desde que não seja muito arriscado. Enquanto isso, Katsura, líder dos rebeldes Joui e amigo de Gintoki, desaparece após ser brutalmente atacado por um assassino desconhecido. Shinpachi e Kagura começam a investigar sobre o paradeiro de Katsura e quem poderia estar por trás do ataque.
Gintoki, por sua vez, assume um trabalho que parece não ter nada a ver com as investigações dos amigos: o ferreiro Tetsuya pede que ele recupere uma espada chamada Benizakura, que foi recentemente roubada. À medida que as duas investigações se cruzam, a tripulação de Yorozuya descobre que estão no meio de uma grande conspiração envolvendo a natureza sinistra da espada Benizakura.
Gintoki decide levar a luta para o quartel-general inimigo e, junto com alguns aliados improváveis, parte para um dos trabalhos mais perigosos até então.
