Um ano se passou desde a Rebelião Negra, fracassada revolta contra o Santo Império Britânico liderada pelo enigmático Zero, agora desaparecido. Sem seu líder revolucionário, os Cavaleiros Negros da Área 11 estão impotentes para enfrentar a brutalidade infligida pela Britânia, que se intensificou para esmagar qualquer esperança de uma futura rebelião.
Lelouch Lamperouge perdeu toda a memória de sua vida dupla e vive pacificamente ao lado de seus amigos como estudante do ensino médio na Academia Ashford. Seu ex-parceiro, C.C., não consegue aceitar essa mudança e se esforça para lembrá-lo de seu propósito passado, esperando que o mentor Zero ressurja para terminar o que começou.
