Em um futuro distante, a humanidade descobriu como viver eternamente comprando corpos mecânicos, embora esse caminho seja extraordinariamente caro. Um garoto pobre, Tetsurou Hoshino, quer adquirir uma passagem para o Galaxy Express 999, trem intergaláctico que supostamente entrega corpo mecânico gratuito ao fim da viagem. Quando a mãe de Tetsurou é baleada pelo vilão híbrido homem‑máquina Conde Mecha, tudo parece perdido. Ele é salvo da morte certa pela misteriosa Maetel, mulher alta, loira e com forte semelhança à sua mãe. Ela lhe concede um passe para o Galaxy Express sob uma condição: que viajem juntos. Assim, Tetsurou inicia a jornada pelo universo, visitando inúmeros planetas e vivenciando aventuras emocionantes na esperança de alcançar seu maior desejo.
