Dois anos se passaram desde que os Tendoshuu invadiram o Terminal Central O‑Edo. Desde então, a Yorozuya tomou rumos distintos. Antecipando o retorno de Utsuro, Gintoki Sakata começa a traçar as linhas de ley da Terra em busca de vestígios da Altana do outro homem. Após encontrar os remanescentes dos Tendoshuu, que ainda perseguem a imortalidade, Gintoki volta para Edo. Mais tarde, o Shinsengumi reagrupado e a Yorozuya lançam um ataque ao Terminal Central ocupado. Com a Altana recuperada entre os destroços da nave tendoshua em risco de detonação, Yorozuya e seus aliados enfrentam os inimigos enquanto a segurança de Edo e do resto do mundo está em jogo. Cumprindo os desejos de seu professor Shouyou Yoshida, ex‑alunos se unem e revivem seus passados uma última vez na tentativa de salvar o futuro.
