A história de Harukanaru Toki no Naka 2 se passa cem anos depois da trama original. Kyou, que lembra Kyoto do período Heian, está em tumulto por causa de uma luta de poder entre o imperador e o imperador aposentado; a população cai em desespero, temendo o fim do mundo.
Karin estava caminhando com os amigos quando, de repente, é levada pelo Dragão Branco para a terra de Kyou. Ela é escolhida como a nova sacerdotisa do Dragão Branco e deve lutar contra o mal com a ajuda dos guardiões, enquanto continua tendo visões de um homem misterioso.
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