Mitsuha Miyamizu, uma estudante do ensino médio, sonhava viver a vida de um menino na movimentada cidade de Tóquio, um cenário que contrasta com sua rotina tranquila no campo. Enquanto isso, em Tóquio, Taki Tachibana vivia uma existência agitada como estudante do ensino médio, além de dividir seu tempo entre o trabalho de meio período e os estudos para se tornar arquiteto. Mitsuha acorda um dia em uma sala que não é sua e logo percebe que está vivendo a vida dos sonhos na cidade, mas no corpo de Taki! Em outro lugar, Taki se vê vivendo a existência humilde de Mitsuha no campo.
Em busca de respostas para esse fenômeno estranho, eles começam a procurar um pelo outro. Kimi no Nawa gira em torno das ações de Mitsuha e Taki, cujas vidas começam a se entrelaçar dramaticamente, tecendo uma trama mantida unida por destino e circunstância.
