O ano é 21XX. Replicantes já são comuns, depois que o Dr. Cain redescobriu o antigo laboratório do Dr. Light e baseou vários projetos no original de Megaman X. Entretanto, X se juntou aos Maverick Hunters e trabalha ao lado do líder da Unidade Zero, sob a direção do General Sigma. Sua missão é eliminar os replicantes desonestos que se tornaram violentos.
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