Dois anos depois da derrota de Galactor e da aparente morte de Condor Joe, um navio de cruzeiro é atacado pelo Líder X, que aniquila quase todos a bordo. Entre as poucas sobreviventes, uma jovem é capturada por X e rapidamente envelhecida, transformando‑se no estranho Gel Sadra, cuja voz masculina contrasta com sua aparência adulta. Apesar da maturidade externa, Gel Sadra ainda demonstra birras infantis e comportamento imaturo.
Com o ressurgimento de Galactor, a Equipe Ninja da Ciência é convocada novamente; um homem sombrio chamado Hawk Getz assume o papel de substituto de Joe. Logo se descobre que Getz é na verdade um agente infiltrado de Galactor (e já havia matado o Getz original que estava prestes a se juntar à equipe), e ele acaba sendo eliminado por uma misteriosa pena shuriken.
Conforme as pistas se espalham nos três primeiros episódios, Condor Joe reaparece no quarto episódio, sobrevivendo de alguma forma aos ferimentos fatais do final da primeira série, e volta a integrar o grupo. Mais tarde revela‑se que ele foi resgatado por um ex‑cientista galactor à beira da morte e recebeu diversos implantes cibernéticos.
Posteriormente na trama surge a cientista Dra. Pandora, que perdeu marido e filha no desastre do cruzeiro. Sem saber de sua existência, sua filha Sammie sobreviveu e, na verdade, é Gel Sadra.
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