Em 2314 d.C., dois anos após a última grande batalha do Ser Celestial, o planeta enfrenta uma nova crise. Uma nave de exploração abandonada de Júpiter, há 130 anos sem contato, deixou sua órbita e está se aproximando da Terra. A ESF também iniciou pesquisas sobre o poder dos inovadores com Descartes Shaman. A exposição mundial às partículas GN fez com que muitos indivíduos despertassem como verdadeiros inovadores. Reconhecendo os benefícios militares dessas pessoas, a Federação da Esfera da Terra começou a estudar a inovação e explorar as habilidades emergentes dos inovadores. Enquanto o Ser Celestial e seus Meister Gundam partem em sua missão final para salvar a humanidade de uma ameaça inimaginável, os metamorfos de metal vivo extraterrestre (ELS), Gundam Meister Setsuna F. Seiei está prestes a descobrir o verdadeiro propósito da sua evolução como inovador e a natureza dos diálogos que o plano de Aeolia Schenberg havia preparado para a raça humana.
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