Na segunda temporada, a trama retoma exatamente onde terminou na primeira. O laboratório de fermentação do Professor Itsuki já está pronto para funcionar e, com o presente único que Sawaki Tadayasu oferece – enxergar e dialogar com micróbios –, os estudantes de Itsuki iniciam a produção de diversos alimentos fermentados, como molho de soja e saquê.
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